Non, non, raslebol, tu n'as pas tort !

Les préférences audio de Skype permettent bien de choisir, tant pour l'entrée que pour la sortie, un périphérique différent de celui qui est désigné dans les préférences système d'OS X.

C'est très commode pour éviter les conflits éventuels entre logiciels de même nature.
Cela permet, par exemple, de réserver l'utilisation du micro de l'iSight à iChat AV et d'utiliser avec Skype le micro incorporé ou un micro externe usb. Les 2 logiciels peuvent donc être ouverts en même temps sans se chamailler pour la prise de contrôle de la source audio.
Evidemment, dès que Skype aura la vidéo...

Suppression d'écho et contrôle automatique du gain ne visent qu'à améliorer la qualité et le confort de l'écoute.

À noter, enfin, qu'un logiciel (gratuit !) comme -->SoundSource<-- permet d'effectuer les changements "à la volée"; ce qui est parfois bien pratique !