Faite un clic-droit à l'endroit où vous voulez créer le raccourci (sur votre bureau par exemple)

choisissez Nouveau > Raccourci

Copier/coller dans le cadre :

Pour un Windows 32bit : "C:\Program Files\Skype\Phone\Skype.exe" /legacylogin

Pour un Windows 64bit : "C:\Program Files (x86)\Skype\Phone\Skype.exe" /legacylogin

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Ensuite, tapez le nom que vous voulez dans le cadre et cliquez sur Terminer.

Lancez ce fichier reg :
Pour un Windows 32bit : Skype_autostart.reg 
Pour un Windows 64bit : Skype_autostart_64.reg
(Voir les fichiers joints)

Cliquez sur Ok.